ImageJ は Python でマクロやらプラグインやらが書ける. しかし,Python2.5互換のJythonなので,結構つらい. APIドキュメントを延々と読んだりするのもつらい.
調べながら書いていると画像解析に詳しくなったり ImageJ に詳しくなったりJavaに詳しくなったりするので,それはそれで良いのかもしれない.
これは,指定したフォルダのJPGファイル全部にAnalyzeParticle コマンドをする,みたいなことをやるやつ.
Set Scale のやり方がわからなかったけど後からやればいいやとなった. あとは,結果を保存するときにEncodingを変更する方法がわからなくて,Windows だと Shift_JIS で保存されるっぽかった.
これが非常に参考になった.
http://wiki.cmci.info/documents/120206pyip_cooking/python_imagej_cookbookwiki.cmci.info