LeafAreaという R から ImageJ を動かして葉面積を測定できるべんりパッケージがあるんですが，Fiji だとうまく動きません． というのは，ImageJ と Fiji ではフォルダ構造とかファイル名とかが異なるからです．
LeafArea package が想定しているフォルダ構造は
ImageJ\ ImageJ\ij.jar ImageJ\jre\bin\java.exe
となっており，これが Fiji.app(no JRE) の場合だと
Fiji.app\ Fiji.app\jars\ij-1.51g.jar
という感じになっています．
java.exeの場所は，JRE 付きのものをインストールした場合は
Fiji.app\java\win64\jdk1.8.0_66\jre\bin\java.exe
という感じになっており，JREなしをインストールした場合は システムのjavaを使うので，
"C:\Program Files\Java\jre1.8.0_112\bin\java.exe"
という感じになります（バージョンとかによって違う）．
なので，これを合わせてあげればよいので，シンボリックリンクを張ります．
管理者コマンドプロンプトを立ち上げて，Fiji.app まで移動
cd path\to\Fiji.app
そして， no JRE の人は，
mklink /D jre "C:\Program Files\Java\jre1.8.0_112" mklink ij.jar .\jars\ij-1.51g.jar
JRE 付きの人は，
mklink /D jre .\java\win64\jdk1.8.0_66\jre mklink ij.jar .\jars\ij-1.51g.jar
とやってシンボリックリンクを張ります． 動かすときは，
library(LeafArea) ex.dir <- eximg() list.files(ex.dir) run.ij(path.imagej = "path/to/Fiji.app", set.directory = ex.dir)
でpath.imagej でFiji.app のあるとこを指定すれば動きます．
実は昔一度fork して動かしたんですが，こっちの方が楽ですね．
