金魚亭日常

読書,ガジェット,競技プログラミング

R

ggplot2で日本語軸ラベルのやつ(RStudio)

R

if (.Platform$OS.type == "windows"){ windowsFonts(msgothic = windowsFont("MSGothic")) jpfont <- element_text(family = "msgothic") } else if (Sys.info()["sysname"] == "Darwin") { jpfont <- element_text(family = "HiraKakuPro-W3") } else { jp…

Jupyter notebook の python から rpy2 で R のパッケージを呼び出す(Windows)

Miniconda 使っているので, conda install rpy2 でインストール. Rは C:\R\R-3.3.2 にインストールしてある. Jupyter notebook を起動して, 環境変数 R_HOME を設定していない場合, import os os.environ["R_HOME"] = "C:\\R\\R-3.3.2" として,設定す…

`LeafArea` を `Fiji` で動かす (Windows編)

LeafAreaという R から ImageJ を動かして葉面積を測定できるべんりパッケージがあるんですが,Fiji だとうまく動きません. というのは,ImageJ と Fiji ではフォルダ構造とかファイル名とかが異なるからです. LeafArea package が想定しているフォルダ構…

ggplot2 で 二軸グラフ

R

ggplot2 のsec.axis を使ってみた. https://whatalnk.github.io/r-tips/ggplot2-secondary-y-axis.nb.htmlwhatalnk.github.io 流れとしては, 第二軸としてプロットするデータを第一軸の範囲に合わせてスケールしてプロットする scale_y_continuous() の引…

RStudio の R Presentation (Windows の場合)

R Presentation ファイル(.Rproj)は knitr::knit() でmarkdownに変換されてPreviewされる. knitr::knit() 処理の流れは, 引数 encoding の判定・および変換 readLines() で読み込み 拡張子の判定 Chunk もしくは Inline code が含まれているかどうかの判…

sapply の simplyfy=FALSE

R

文字列ベクトルxをlapplyに渡して,data frame とってきてそれをlistで返す,ってことをすると,結果のlistのnamesには元の文字列ではなくて,インデックスが入る. これを,元の文字列を保持したい時は,sapply(x, simplyfy=FALSE) を使う. R sapply(simpl…

R Markdown Notebook を試した

R

最近Rを使うときはJupyter notebook ばかりでRStudioを開くことがほとんどなくなっていたのだけれど,どうやらRStudioに(RMarkdownに)Notebookモードが入るらしい. www.r-bloggers.com この記事だと,daily build を入れて rmarkdown を githubからインス…

Visual Sutudio Code に Rmd のシンタックスハイライト追加

R

node.js インストール npm install -g yo generator-code yo code 対話的に進むので,それに従えばいい. .tmLanguageファイルは knitr_reports/Rmd.tmLanguage を使わせてもらった. 出来たフォルダを %USERPROFILE%\.vscode\extensions に配置すると使える…

IRkernel でプロットサイズ変更

R

現在の値 IRkernel::get_plot_options() $antialias "gray" $bg "white" $family "sans" $height 7 $pointsize 12 $quality 90 $res 120 $width 7 幅 4, 高さ 3 に変更 options(repr.plot.width=10, repr.plot.height=7)

Jupyter の IRkernel で日本語を含んだプロットをする(Windows)

R

Mac の quartz() を使った記事を見て,Windows でも Cairo を使えばできそうだと思ってやってみたらできた. JupyterのR kernel使用時に日本語を含むグラフを描く - Qiita 結果(Gist) Jupyter の IRkernel で日本語を含んだプロットをする(Windows) ただ…