金魚亭日常

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Python

Jupyter notebook の python から rpy2 で R のパッケージを呼び出す(Windows)

Miniconda 使っているので, conda install rpy2 でインストール. Rは C:\R\R-3.3.2 にインストールしてある. Jupyter notebook を起動して, 環境変数 R_HOME を設定していない場合, import os os.environ["R_HOME"] = "C:\\R\\R-3.3.2" として,設定す…

ImageJ の Jython が 2.7 になった

最近 Overlay と ROI を管理するやつを作っていて console: Failed to install '': java.nio.charset.UnsupportedCharsetException: cp0. というエラーが出るようになり,調べていたら,2.7だということに気づいた. http://bugs.jython.org/issue2222%3Ebug…

matplotlib で出力するファイルの 幅 と 高さ

1 インチは 25.4 mm なので,これは254 mm × 254 mmのPDFになる plt.figure(figsize=(10, 10)) plt.xlim(0, 1) plt.savefig("fig.pdf") で,周囲の余白を取り除きたいときは bbox_inches='tight' を指定するといいのだけど, サイズは 210.7 mm × 208.2 mm …

python で Rのdevtools::session_info() 的なやつ

jupyter notebook のはなしです. rasbt/watermark を使う https://github.com/rasbt/watermark を使って, %load_ext watermark %watermark -u -d -v -p numpy,pandas,matplotlib とすると last updated: 2016-10-12 CPython 3.5.2 IPython 5.1.0 numpy 1.1…

ImageJ のマクロ

ImageJ は Python でマクロやらプラグインやらが書ける. しかし,Python2.5互換のJythonなので,結構つらい. APIドキュメントを延々と読んだりするのもつらい. 調べながら書いていると画像解析に詳しくなったり ImageJ に詳しくなったりJavaに詳しくなっ…