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金魚亭日常

読書,ガジェット,競技プログラミング

ImageJ の GUI plugin

ImageJ の GUI plugin を作っていて,ボタンを押したときに一回目は動くのだけれど,なぜか2回目以降は NameError で import した module が認識されない. 実験した限りだと,下のスクリプトで何回か画像を開いて閉じてしていると,5回目ぐらいから NameErr…

ImageJ の Jython が 2.7 になった

最近 Overlay と ROI を管理するやつを作っていて console: Failed to install '': java.nio.charset.UnsupportedCharsetException: cp0. というエラーが出るようになり,調べていたら,2.7だということに気づいた. http://bugs.jython.org/issue2222%3Ebug…

`LeafArea` を `Fiji` で動かす (Windows編)

LeafAreaという R から ImageJ を動かして葉面積を測定できるべんりパッケージがあるんですが,Fiji だとうまく動きません. というのは,ImageJ と Fiji ではフォルダ構造とかファイル名とかが異なるからです. LeafArea package が想定しているフォルダ構…

ImageJ のマクロ

ImageJ は Python でマクロやらプラグインやらが書ける. しかし,Python2.5互換のJythonなので,結構つらい. APIドキュメントを延々と読んだりするのもつらい. 調べながら書いていると画像解析に詳しくなったり ImageJ に詳しくなったりJavaに詳しくなっ…